Du solltest nur einmal gefragt werden. Das Passwort bzw. die Passwörter weiterer zu entschlüsselnden Partitionen, die du selbst gewählt hast, spielen allerdings keine Rolle. Diese kannst du durchaus variieren. Bei der Installation werden i. d. R. automatisch weitere Schlüssel (key files) zu deinen LUKS Partitionen hinzugefügt, damit dein System diese nach der ersten Entschlüsselung mit deinem Passwort ohne dein weiteres Hinzutun entschlüsseln und einhängen kann. Manuel einrichten ist aber auch kein Problem.
Siehe evtl. auch Antwort auf ähnliche Frage.